Khoảng 15-20% số bệnh nhân nhập viện sốt Lassa sẽ chết vì căn bệnh này. Tỷ lệ tử vong chung được ước tính là 1%, nhưng trong thời gian dịch bệnh, tỷ lệ tử vong có thể leo lên cao tới 50%. Tỷ lệ tử vong lớn hơn 80% khi nó xảy ra ở phụ nữ mang thai trong ba tháng cuối của họ; thai chết cũng xảy ra ở gần như tất cả những trường hợp đó. Phá thai làm giảm nguy cơ tử vong cho người mẹ. [19] Một số người sống sót bị ảnh hưởng của căn bệnh về lâu dài. [20]

Do được điều trị bằng Ribavirin, tỷ lệ tử vong đang tiếp tục giảm.